Todos os anos, o Programa de Pós-Graduação em Matemática Pura e Aplicada da Unifesp oferece 16 vagas para ingresso no curso de mestrado. As vagas que não são preenchidas em um proceso seletivo são reabertas no processo seletivo seguinte. O processo seletivo para ingresso no 2º semestre de 2024 já está aberto:
Processos Seletivos Anteriores
| 2024 | 2° semestre | Edital |
| 1° semestre II | Resultado Final | |
| 1º semestre I | Resultado final | |
| 2023 | 2° semestre | Resultado Final |
| 1º semestre | Resultado final | |
| 2022 | 2º semestre | Resultado Final |
| 1º semestre | Resultado Final | |
| 2021 | 2º semestre | Resultado Final |
| 1º semestre | Resultado Final | |
| 2020 | 2º semestre | - |
| 1º semestre | - | |
| 2019 | 2º semestre | - |